Научная библиотека зоопарка содержит более 10 тысяч печатных изданий, собранных за годы существования зоопарка. Здесь хранятся труды по зоологии начала века, обширная подборка литературы 30-х – 50-х годов по паразитам диких животных – наследие работавшей в зоопарке лаборатории гильментологии, классические труды и учебники последних лет издания, много зарубежных изданий и, конечно, наиболее полная подборка трудов, изданных самим зоопарком.

       Зоопарк получает отечественные журналы по зоологии («Зоологический журнал», «Реферативный журнал») и многие периодические издания, выпускаемые зарубежными зоопарками.

        Регулярно фонд библиотеки пополняется новейшей специальной литературой.

        В последние годы библиотеке зоопарка были переданы два значительных частных собрания – подборка изданий зоопарков мира, собранная за многие годы С.М.Кудрявцевым и одно из крупнейших в нашей стране частных собраний зоологической литературы – библиотека профессора В.Е.Флинта. После того, как все эти издания будут внесены в каталоги и станут доступными читателям, фонды библиотеки Московского зоопарка увеличатся почти на треть.

Постоянные читатели библиотеки – около ста сотрудников зоопарка, получают здесь литературу, необходимую им в работе. В случае отсутствия в библиотеке нужной книги, ее заказывают через Межбиблиотечный абонемент.

Создан компьютерный каталог библиотеки (формат xls). Он содержит полный каталог научной библиотеки Московского зоопарка. Формат электронных таблиц позволяет искать интересующее Вас издание по названию, по автору, по году издания или по тематике.
        Хотя библиотека обслуживает сотрудников зоопарка, но сотрудники других научных организаций по договоренности с администрацией зоопарка могут работать с литературой в читальном зале, а в случае особо ценных изданий – заказывать ксерокопии.